Да, можно.

Для этого сделайте установку обновлятора (в режиме portable) прямо на вашу флешку:

Программа хранит все настройки внутри своей папки, поэтому без проблем будет запускаться на других компьютерах.

При этом вам нужно сразу снять галку "Список баз считывается из окна запуска 1С":

Иначе при запуске на каждом новом компьютере настройки предыдущих баз будут перезатираться.

Для активации проф-версии вам нужно будет купить необходимое количество регистрационных ключей и активировать обновлятор у каждого из ваших клиентов.

Коды активации (уже полученные от робота в письме на почту) нужно будет складывать  в папку Keys, которую вы создадите внутри папки Data обновлятора, в виде файлов с любым именем и расширением ".txt".

Я сейчас всё покажу на примере.

Пусть у меня есть всего 3 клиента, к которым я прихожу (или подключаюсь удалённо) для обновления баз. У меня есть причина по которой я не хочу устанавливать к ним на компьютеры (и активировать) отдельные версии обновлятора.

Возможно я отдал за эти версии свои деньги, а возможно я просто не хочу, чтобы они видели, что у них установлена эта программа. Неважно.

Я устанавливаю обновлятор на свою флешку и тут же снимаю галку "Список баз считывается из окна запуска 1С".

После этого я покупаю 3 регистрационных ключа, к примеру:

a9f6d6d9-60b3-4a54-b699-82d3a410a718

72e797ac-4f5c-41eb-8c60-9b1845efc358

a1572283-cb05-45ec-a704-95695f36b5de

И вот я прихожу (или подключаюсь к очередному клиенту, запускаю у него обновлятор и вижу (в нижнем правом углу), что проф-версия не активирована.

Я провожу активацию по всем правилам, используя один из свободных 3 ключей и получаю в обратном письме от робота код активации, например, такой:

Теперь я захожу в папку обновлятора на флешке, далее я перехожу в подпапку Data и создаю там папку Keys (если она там ещё не создана), в ней я создаю в блокноте текстовый файл с любым именем и расширением ".txt" (например, "1.txt"). В этот текстовый файл я помещаю код активации, который только что получил:

Сохраняю этот файл.

Точно также я поступаю у остальных двух клиентов. В результате в моей папке Keys будет три файла с расширением ".txt" и разными кодами активации:

Когда я в очередной раз буду запускать программу у этих клиентов - обновлятор сам подберёт нужный код активации из имеющихся в папке Keys.