Скорее всего причина в том, что в промежутках между обновлениями базы при помощи Обновлятора-1С вы выполнили обновление базы из самой 1С (конфигуратора или предприятия), либо восстановили резервную копию базы. Поэтому файл настроек "настройки-обновлятора-1с.cfg" для работы с базовой версией внутри папки с базой устарел.
Чтобы исправить ситуацию вам нужно запустить обновлятор, выделить базу, снова нажать кнопку "Свойства базы".
В открывшемся окно нажмите на кнопку "Запустить базу и выполнить настройку повторно":
Дождитесь запуска базы и в автоматически открывшейся обработке нажмите кнопку "Выполнить настройку автоматически":
Готово! Теперь всё должно заработать. Я же советую обновлять базу каким-то одним способом: или через 1С или через Обновлятор.