Ничего страшного не произойдёт.
Если в базе работают другие пользователи, то их работа будет завершена автоматически. Этот механизм поддерживается всеми типовыми конфигурациями.
В целом же я советую запускать обновление вечером, когда в базах уже никто не работает, и оставлять его на всю ночь.
Оглавление
Сообщение о блокировки
Если вы хотите поменять сообщение, которое выдаётся пользователям при блокировки базы:
1. Зайдите в "Дополнительные настройки программы":
2. Спуститесь в самый них закладки "Интерфейс и поведение":
Предварительное оповещение
А если вы хотите, чтобы перед блокировкой базы пользователям давалось больше времени на выход:
1. Здесь же, в дополнительных настройках, перейдите в конец закладок на закладку с именем "Системные настройки":
За предварительное оповещение пользователей отвечает выделенный мною параметр "Предварительное оповещение пользователей о завершении работы за X минут". По умолчанию этот параметр равен нулю.
Запрет обновления при работающих пользователях
А если вы хотите, чтобы при работающих пользователях базы не обновлялись вовсе:
1. Здесь же, в дополнительных настройках, перейдите на закладку "Обновление баз":
Настройте выделенный мною параметр нужным вам образом.