В общем случае все обновления на компьютере ищутся в папках шаблонов, которые указаны на закладке "Настройки программы":
Именно в этих папках обновлятор ищет уже скачанные обновления к базам. Сюда же он складывает (в формате полностью совместимом с конфигуратором) новые обновления, которые скачал с сайта 1с.
Но есть случаи (пример), когда нужно, чтобы обновлятор при поиске обновлений искал и скачивал их в индивидуальной для базы/группы баз папке.
В этом случае нужно зайти в свойства конкретной базы, перейти на закладку "Обновление", в раздел "Источники", отметить пункт "Переопределить папку для поиска обновлений" и указать свой путь:
При необходимости поиск обновления на сайте 1с можно отключить здесь же: