Дело в том, что для файловых баз программное выполнение обработчиков обновления (через внешнее соединение с базой) невозможно, если в них активны некоторые виды расширений.
К примеру, наличие в файловой базе активного расширения меняющего роли основной конфигурации приведёт вот к такой ошибке при попытке выполнить обработчики обновления программно:
"обновление параметров работы программы не может быть выполнено,, т.к. подключены расширения конфигурации, модифицирующие права в ролях конфигурации., для выполнения обновления необходимо отключить такие расширения."
Обновлятор позволяет выключать расширения конфигурации (без их удаления) на время выполнения обработчиков обновления, а затем включать снова.
При этом включает он только те расширения, что были активны до выполнения обработчиков обновления. То есть если расширение было выключено до обновления базы, то оно останется выключенным и после.
За выключение расширений на время выполнения обработчиков обновления отвечает галка "Отключать расширения на время выполнения обработчиков обновления", она находится в свойствах базы на закладке "Обновление":
При установке этой опции результат выполнения обработчиков обновления будет таким: