Некоторые настройки читаются обновлятором прямо из диалога запуска 1с.

Чтобы попасть в эти настройки запустите окно запуска 1с и нажмите кнопку "Настройка...":

Открылось окно "Настройка диалога запуска":

Из этого окна обновлятором считываются:

• Каталоги шаблонов конфигураций и обновлений (при первом запуске программы)
• Используемые версии (каждый раз). К примеру здесь может быть указано, что вместо 8.3 нужно использовать 8.3.6, а вместо 8.2 - 8.2.19.130
• Использовать аппаратную лицензию (ключ защиты). Если эта галка снята, то при запуске платформы принудительно используется ключ /UseHwLicenses-